### R code from vignette source 'xmapbridge.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: xmapbridge.Rnw:150-155 ################################################### #We are actually writing everything to a tmp directory behind the scenes. path <- tempdir() old.path <- Sys.getenv( "XMAP_BRIDGE_CACHE" ) Sys.setenv( XMAP_BRIDGE_CACHE=path ) #We put things back later ################################################### ### code chunk number 2: xmapbridge.Rnw:157-161 ################################################### library( xmapbridge ) set.seed( 100 ) x <- runif( 100, 1100000,1200000 ) y <- 10 * sin( 2 * pi * ( x-1000000 ) / 10000 ) ################################################### ### code chunk number 3: xmapbridge.Rnw:163-164 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot( x, y, species="homo_sapiens", chr="1", type="line" ) ################################################### ### code chunk number 4: xmapbridge.Rnw:166-167 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot( x, y, species="homo_sapiens", chr="1", type="line" ), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 5: xmapbridge.Rnw:216-217 ################################################### data(xmapbridge) ################################################### ### code chunk number 6: xmapbridge.Rnw:229-230 ################################################### l <- split(exon.data,exon.data$"gene") ################################################### ### code chunk number 7: xmapbridge.Rnw:241-247 ################################################### g <- l[[1]] x <- g$"seq_region_end" + (g$"seq_region_end" - g$"seq_region_start")/2 y <- g[,2] chr <- unique(g$"name") ################################################### ### code chunk number 8: xmapbridge.Rnw:256-257 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 9: xmapbridge.Rnw:259-260 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 10: xmapbridge.Rnw:278-279 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="scatter",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 11: xmapbridge.Rnw:281-282 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="scatter",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 12: xmapbridge.Rnw:284-285 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="line",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 13: xmapbridge.Rnw:287-288 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="line",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 14: xmapbridge.Rnw:290-291 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="bar",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 15: xmapbridge.Rnw:293-294 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="bar",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 16: xmapbridge.Rnw:296-297 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 17: xmapbridge.Rnw:299-300 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 18: xmapbridge.Rnw:302-303 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="steparea",col="#ff000066") ################################################### ### code chunk number 19: xmapbridge.Rnw:305-306 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="steparea",col="#ff000066"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 20: xmapbridge.Rnw:322-327 ################################################### #Pick an interesting gene g <- l[["ENSG00000128394"]] x <- g$"seq_region_end" + (g$"seq_region_end" - g$"seq_region_start")/2 chr <- unique(g$"name") y <- g[,2] ################################################### ### code chunk number 21: xmapbridge.Rnw:329-330 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000033",ylim=c(0,16)) ################################################### ### code chunk number 22: xmapbridge.Rnw:332-333 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot(x,y,chr,species="homo_sapiens",type="area",col="#ff000033",ylim=c(0,16)), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 23: xmapbridge.Rnw:335-336 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.points(x,y,chr,type="line",col="#ff0000ff") ################################################### ### code chunk number 24: xmapbridge.Rnw:338-339 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.points(x,y,chr,type="line",col="#ff0000ff"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 25: xmapbridge.Rnw:342-344 ################################################### #We were plotting the 1st array (2nd column in g), now plot the 4th (5th column in g) y <- g[,5] ################################################### ### code chunk number 26: xmapbridge.Rnw:346-347 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.points(x,y,chr,type="area",col="#0000ff33") ################################################### ### code chunk number 27: xmapbridge.Rnw:349-350 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.points(x,y,chr,type="area",col="#0000ff33"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 28: xmapbridge.Rnw:352-353 (eval = FALSE) ################################################### ## xmap.points(x,y,chr,type="line",col="#0000ffff") ################################################### ### code chunk number 29: xmapbridge.Rnw:355-356 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.points(x,y,chr,type="line",col="#0000ffff"), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 30: xmapbridge.Rnw:408-411 ################################################### cols.bg <- c(rep("#ff000011",3),rep("#0000ff11",3)) cols.fg <- c(rep("#ff0000ff",3),rep("#0000ffff",3)) names <- c("7.1","7.2","7.3","10a.1","10a.2","10a.3") ################################################### ### code chunk number 31: xmapbridge.Rnw:422-423 ################################################### pid <- xmap.project.new("mcf7 vs mcf10a") ################################################### ### code chunk number 32: xmapbridge.Rnw:432-444 ################################################### plot.a.gene <- function(g,pid) { x <- g$"seq_region_end" + (g$"seq_region_end" - g$"seq_region_start")/2 y <- g[,2:7] chr <- unique(g$"name") gene <- unique(g$"gene") xlim <- range(x) gph <- xmap.graph.new(projectid=pid, name=gene,desc="vignette example", min=0, max=16, chr=chr, start=xlim[1], stop=xlim[2], ylab="value",species="homo_sapiens") for(i in 1:6) { xmap.points(graphid=gph,x=x,y=y[,i],type="area",col=cols.bg[i],xlab="") xmap.points(graphid=gph,x=x,y=y[,i],type="line",col=cols.fg[i],xlab=names[i]) } } ################################################### ### code chunk number 33: xmapbridge.Rnw:458-459 ################################################### lapply(l,plot.a.gene,pid=pid) ################################################### ### code chunk number 34: xmapbridge.Rnw:480-481 ################################################### library( RColorBrewer ) ################################################### ### code chunk number 35: xmapbridge.Rnw:483-486 (eval = FALSE) ################################################### ## #A light grey almost transparent step area ## xmap.plot( x, y, type="steparea", col="#11111111", ylab="intensity", ## chr="4", species="homo_sapiens" ) ################################################### ### code chunk number 36: xmapbridge.Rnw:488-490 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.plot( x, y, type="steparea", col="#11111111", ylab="intensity", chr="4", species="homo_sapiens" ), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 37: xmapbridge.Rnw:493-495 (eval = FALSE) ################################################### ## #With an opaque orange edge ## xmap.points( x, y, type="step", col="#F7941DFF" ) ################################################### ### code chunk number 38: xmapbridge.Rnw:497-498 ################################################### cat( xmap.debug( xmap.points( x, y, type="step", col="#F7941DFF" ), newlines=TRUE ) ) ################################################### ### code chunk number 39: xmapbridge.Rnw:507-514 ################################################### #Five levels of red, chosen by the RColorBrewer reds <- brewer.pal( 5, "Reds" ) reds <- xmap.col( reds, alpha=0x55 ) for( i in 1:5 ) { xmap.points( x, y / i, type="area", col=reds[i] ) } ################################################### ### code chunk number 40: xmapbridge.Rnw:532-534 ################################################### #put the environment variable back. Not strictly necessary, but why not? Sys.setenv(XMAP_BRIDGE_CACHE=old.path)