### R code from vignette source 'vignettes/ABSSeq/inst/doc/ABSSeq.Rnw'

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### code chunk number 1: ABSSeq.Rnw:27-28
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library(ABSSeq)


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### code chunk number 2: ABSSeq.Rnw:33-35
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data(simuN5)
names(simuN5)


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### code chunk number 3: ABSSeq.Rnw:40-41
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simuN5$groups


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### code chunk number 4: ABSSeq.Rnw:46-47
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conditions <- factor(c(rep(1,5),rep(2,5)))


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### code chunk number 5: ABSSeq.Rnw:52-54
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obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups))
obj1 <- ABSDataSet(simuN5$counts, conditions)


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### code chunk number 6: ABSSeq.Rnw:59-63
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obj1 <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups),"User",runif(10,1,2))
normMethod(obj1)
normMethod(obj1) <- "DESeq"
normMethod(obj1)


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### code chunk number 7: ABSSeq.Rnw:68-70
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  obj=normalFactors(obj)
  sizeFactors(obj)


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### code chunk number 8: ABSSeq.Rnw:75-76
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  head(counts(obj,norm=TRUE))


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### code chunk number 9: ABSSeq.Rnw:81-82
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  obj=calPara(obj)


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### code chunk number 10: plotDifftoBase
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plotDifftoBase(obj)


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### code chunk number 11: plotDifftoBase
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plotDifftoBase(obj)


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### code chunk number 12: ABSSeq.Rnw:103-105
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obj <- GPTest(obj)
head(results(obj,c("pvalue","adj.pvalue")))


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### code chunk number 13: ABSSeq.Rnw:110-111
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head(results(obj))


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### code chunk number 14: ABSSeq.Rnw:116-120
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data(simuN5)
obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups))
res <- ABSSeq(obj)
head(res)